Rota a partir de Campo Grande
A APA Baía Negra pode ser acessada, a partir de Campo Grande, pela Rodovia BR 262, sentido oeste, em direção as cidades de Corumbá e Ladário. No entroncamento do portal de entrada das duas cidades, acessar à direita para Ladário, na BR 359 (Rua Frei Liberato, estrada da CODRASA), percorrer por cerca de 4,5 quilômetros até o entroncamento de acessoao Assentamento 72 (estrada à direita), permanecer na estrada da CODRASA, já no interior APA para acessar as propriedades da área.
Rota a partir de Ladário
A partir do centro de Ladário da avenida Rio Branco, virar na rua Riachuelo em direção à mesma rodovia que dá acesso à APA e percorrer cerca de dois quilômetros até sua intersecção com a rua Frei Liberato (BR 359). Daí virar à esquerda e permanecer na mesma estrada por cerca de 4,5 quilômetros até o entroncamento de acesso ao Assentamento 72 e à APA Baía Negra. APA também pode ser acessada em sua porção sul e oeste a partir da Estrada Parque Pantanal, com acesso em entroncamento sinalizado à margem da BR 262. Percorre-se a Estrada Parque rumo oeste, em direção ao Porto da Manga, margem esquerda do rio Paraguai, por cerca de 15 quilômetros, e na entrada da Fazenda Banda Alta, localizada nesta estrada, acessar. À esquerda, início da estrada vicinal de acesso às fazendas Carandá e Uruba e a base da Marinha do Brasil, contornando os limites sul e oeste da APA Baía Negra.
Rota a partir pelo Rio Paraguai
A APA Baía Negra pode também ser acessada em seu limite oeste pelo rio Paraguai por meio de embarcações e de atracadouros localizados em propriedades ribeirinhas e empreendimentos ao longo do rio, em sua margem direita.
